没用过 winget ，但还是比较清楚这类工具的运行原理，他们本质上就相当于跑了个段自动化脚本，包括安装在哪里，默认设置等，所以针对你的问题：
1. 只是 winget 是 CLI 程序，不代表你装的软件全是 CLI ，装完后只需要再运行一个配置工具即可，这也是大部分软件的安装流程（安装程序，然后运行配置工具来配置初始设置）
2. 这有没有可能是 wingetui 的 BUG ，你应该发在 github 上，而不是 v 站。
3. 同 1 ，他只是帮你运行了静默模式的安装包，至于安装包里面在其他位置有没有写了什么奇奇怪怪的东西，管不了，winget 不是沙盒。
4. winget 和 chocolatey 我是不太建议同时用的，很多时候能避免一些让你抓狂的莫名其妙的问题。