mongodb 删除性能问题请教

[dtgxx]

大佬们，目前我在删除一些 mongo 的数据，根据 ObjectID 删除，每一次删除 2000 条。

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使用 python 脚本 pymongo delete_many

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但是性能上很差，每秒删除在几十到几百条数据。

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我看内存、磁盘、cpu 的压力都非常小。。不知道问题到底出在哪了。。有什么好办法可以提高删除的效率吗？

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不是软删除，是真正按数据删掉。

感谢大家，瓶颈应该是在IO。

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tps比较高。

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Device: tps kB_read/s kB_wrtn/s kB_read kB_wrtn sda 0.81 14.61 20.98 448477 643872 sdb 284.46 2089.13 3099.71 64121884 95139952 sdc 0.02 0.15 0.00 4485 32 dm-0 0.62 12.52 11.83 384408 363246 dm-1 2.50 1.04 9.02 31880 276920 dm-2 0.02 0.12 0.07 3634 2048

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网上关于tps的科普稍微有点少，我使用的是7200转的希捷sata盘，284的tps应该是到瓶颈了。

iostat

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Device: tps kB_read/s kB_wrtn/s kB_read kB_wrtn
sda 0.81 14.61 20.98 448477 643872
sdb 284.46 2089.13 3099.71 64121884 95139952
sdc 0.02 0.15 0.00 4485 32
dm-0 0.62 12.52 11.83 384408 363246
dm-1 2.50 1.04 9.02 31880 276920
dm-2 0.02 0.12 0.07 3634 2048

[rrfeng]

看下监控 db.serverStatus 里关于 wiredTigerCache 的部分

[laminux29]

带源码调试一下，不就知道瓶颈在哪了嘛。

[libook]

把脚本发上来看一看

[Vegetable]

你 objectid 哪来的？查出来的？

[dtgxx]

@rrfeng 感谢，没有看出有什么异常的情况。
@laminux29 应该不是应用层的问题，瓶颈不在代码上。
@Vegetable 因为数据量比较大，之前把 ObjectID 都整理到另一个集合了。从一个集合查询，然后删除。
@libook datacol.delete_many({'_id': {'$in': dup_list}})
瓶颈应该是在从百亿数据里面查询对应的 objectid，然后删除。真的是非常慢。。一秒就能查询到 300 左右然后删除掉。

[dtgxx]

也尝试了多线程、多进程的方式，性能就变更慢了。。

[asilin]

可以确定是磁盘 IO 瓶颈，具体可以用 iostat 命令看下，会发现 IO 使用率接近 100%。

[liprais]

100 亿数据还不如先导出再导入呢

[dtgxx]

@asilin #7 用于删除脚本的 io 确实是接近 100%，但是服务器磁盘的吞吐才不足 10M 每秒，请教下，进程的 io 接近 100%是指给这个进程分配的 io 使用量被占满了吗？我看远不到磁盘的吞吐量。
@liprais 没太理解

[libook]

_id 通常是默认有索引的，所以你得确认是查询速度慢，还是删除的时候写速度慢。这个你可以在数据库本地的 MongoShell 尝试 find 2000 条数据，看看执行时间多少。如果很慢的话，看看索引是否正常，以及是否单个索引太大以至于无法完全缓存在内存里。如果很快的话，就看看是不是写速度问题。
通常来说，有索引查询会快，但是索引越多，写速度就越慢，所以得看看这个 Collection 上是不是索引太多了。

如果在数据库本地的 MongoShell 里测试性能很好，就看看是不是 Python 脚本执行效率的问题或网络的问题。

[misaka19000]

@dtgxx #9 你什么硬盘？是不是时间太长了导致硬盘限制写入了

我之前硬盘三年预计寿命到了之后自动限制写入速度，不影响读取速度

[dtgxx]

@libook 感谢分享思路。我目前从集合 A 查询 2000 条 ObjectID 加上处理这些 ID 大约在 500ms 左右，处理后的 ObjectID 大约剩下 1500 条左右，然后开始执行 集合 B.delete_many({'_id': {'$in': dup_list}}) ，就非常的慢。我现在不太好定位具体是在集合 B 查询 ObjectID 太慢，还是查询后删除太慢。。这个语句是应该是在一个事务里的？
@misaka19000 硬盘还是比较新的，使用了没几个月，应该不是写性能的限制，之前拷贝数据的时候，能到到 200M/s 的吞吐。 不过目前也有个问题没查出来，就是用 iotop，进程的 io 百分比接近 100%，但是实际上磁盘的吞吐只有几 M 而已，不知道这个百分比是怎么计算的。

[dtgxx]

@libook 奥我理解你的意思了，我直接去 find2000 个指定的 objectid 试试速度去。

[matrix67]

@dtgxx #9 不应该只看带宽，还要看下 iops 是否有瓶颈

[opengps]

有个物理约束：硬盘，你用的啥硬盘？
如果是云服务器的普通虚拟硬盘，那么他的 io 往往只有普通 5400 转硬盘的十分之一左右

[laminux29]

@dtgxx 我的意思是，你对 MongoDB 带源码调试。不是调试你的程序，而是调试 MongoDB 。

[dtgxx]

@libook 通过 2000 个 objectid 直接查询，瞬间就查询到结果了。应该是具体删出的时候，非常的慢。
@matrix67 刚看了下 iops，很有道理，但是刚刚找了一下，没有对 iops 的查询工具，您有推荐吗？
@opengps 是希捷的 7200 转 6T 盘，物理服务器

[libook]

@dtgxx 你用你的 Python 脚本找出 2000 个待删除的 ID，再手工使用 deleteMany 在 MongoShell 里执行试试，如果依然很快，就基本能说明是 Python 脚本执行效率的问题了。
慢的话就看看这个集合是不是索引太多，以及看看 IOPS，可以试试 iostat 指令

[dtgxx]

@libook #18 试了一下，deleteMany 比较慢，大部分时间都消耗在这里。

[leopod1995]

读应该不是问题，应该是写性能太差。
性能问题应该出在写 Oplog 上， 可以考虑{ writeConcern: { w: 0}}

[dtgxx]

@leopod1995 #20 开启这个参数之后，速度有一点提升，不过影响不是很大，也是非常感谢！