生物信息有很多方向。有面向算法的，开发软件的，亦有研究进化模型，推导理论的，还有更多的是用于二代测序应用的。

其实涉及很多的计算问题。简单的例子如下：

人个体之间的不同的最根本是源于你我的基因组不同。人类的基因组大约有3*10^9个ATCG四个碱基，这些ATCG的不同排列造成了个体之间的差异。

举个简单的粗糙不严谨的例子：
以二型糖尿病为例，简单鉴定一个健康人与患者的基因组差异不能够解释为什么患病，因为这些差异可能是因为身高等其他性状的不同。而通过测序多个患者与健康人的基因组，全基因组关联分析，则有可能真正找到究竟是那些基因变异增加了患病的风险。需要大量计算。

至于，为什么会有很多人用perl。可能一是因为习惯原因，perl有很多这方面的库了，2是可能perl在写一些一次性用的脚本上很方便。虽然，有时quick and dirty，但能干活儿。